Дела шли с большим успехом, князья вместе с его поддержкой изменили законодательство империи. В ходе борьбы претендентов Иннокентий подчинил себе английского короля. В его правление был пик борьбы с катарами — беспоповской ересью в католицизме. В то же время стихийно начался знаменитый «Крестовый поход детей», против которого выступали католические правители и Папа. Толпы беспризорников отправились в Святую землю, а в итоге оказались на невольничьих рынках Востока. Организовав Четвертый крестовый поход, он несколько раз отлучал его участников из-за нападения на Зару и Константинополь. Но тут же воспользовался плодами победы над Византией и насильно преодолевал раскол. Умер он от лихорадки в ходе примирения итальянских городов.